臺灣文化學系碩士在職專班，以中、小學教師與公職人員之進修為主，並提供地方文史工作者和有志於地方研究之社會人士進修管道。

本所重點，為強調臺灣學與區域研究的結合，從學科內涵提升進修者的專業教學素養與研究能力；以及著重田野調查工作與文獻材料解讀的搭配能力，朝向東臺灣實證研究重鎮之路發展；並藉由數位資訊運用能力的強化，培養本土文化推廣及跨領域研究的人才。

碩士在職專班課程同碩士班，強調以研究生為本位的課程設計。除「學術論文寫作與口頭報告」、「區域研究法」、「論文研究」等必修課程外，20學分的選修課程部分，研究生可依其論文研究方向，選修其他專業選修課程，與╱或客製化的「臺灣文化專題」、「區域研究專題」，以及外系6學分的課程。課程設計理念，為同領域研究所中，少數以研究生論文主題方向為本位的規劃。